ETC系统扣款失败会再次尝试扣款，仍扣费失败的话，会进入人工干预流程，需查明扣费失败原因。由于大部分银行扣费信息没有及时发送，车主也有可能查询不到是否扣款成功。

对于现场扣款失败的，听从收费站工作人员引导到MTC或人工通道，通过刷卡或现金的方式缴纳通行费即可补缴通行，并不会二次扣费，同时下次进入高速走ETC或人工刷ETC卡会覆盖之前的通行信息，不影响正常使用。对于非现场ETC扣款失败的，可以到ETC充值网点或银行网点补缴，若因余额不足引起的ETC扣款失败被纳入ETC黑名单，可以在充值后24小时解除。

从全国ETC联网以来，ETC便捷得到车主们认可，随着ETC用户越来越多，ETC相关问题接踵而至，特别是ETC扣款失败让很多人感到头痛，ETC扣款失败后的补缴手续也比较麻烦，但如今这些情况都可以网上处理，给人们出行带来极大的便利。